मगर आदिवासी प्राज्ञिक प्रतिष्ठानको मुख्य काममा मगर आदिवासी समुदायको बारेमा शोधकार्य गर्ने गराउने पनि पर्दछ । यो संस्थाले विश्वविद्यालयमा मगर सम्बन्धी अध्ययन केन्द्र स्थापना गर्न चाहेको छ । यस मगर आदिवासी प्राज्ञिक प्रतिष्ठानको स्थापना भएपछि संस्थाबाट अध्ययन अनुसन्धान गरिएका कार्यहरुको विवरण निम्न अनुसार रहेको छः

• वि.सं. २०७९ मा “मगरका थर र उपथर” शिर्षकमा अध्ययन कार्य गरी प्रतिवेदन तयार पारेर नेपाल मगर संघ केन्द्रीयलाई हस्तान्तरण गरिएको र सो अध्ययन प्रतिवेदन नेपाल मगर संघले मिति २०७९ फाल्गुन १४ गते आदिवासी जनजाति आयोगमा बुझाइएको थियो ।
• विद्यालयमा मगर मातृभाषामा पठनपाठनमा लागि संस्थाद्वारा तयार पार्नुपर्ने पालिकाको स्थानीय पाठ्यक्रम, सो पाठ्यक्रममा आधारित पाठ्यपुस्तक लेखनका लागि आवस्यके पर्ने फिल्ड अध्ययन तथा आवस्यक अध्ययन कार्यहरु गरेको छ ।
• आदिवासी मगर समुदायको बारेमा शोधकार्यका लागि विज्ञहरुसँग विभिन्न परामर्श लिएर मगरको बारेमा ठोस अध्ययन कार्यका लागि रणनीति बनाउने कार्यहरु पनि चलिरहेको छ ।